一个国家的经济之所以会出现地域空间上的分异、形成不同的专业化产业和分工、经济结构和水平相异的区域，有其内在的、不质的必然原因。区域经济学，作为一门学科或理论，与其他任何学科一样，其产生和发展有其赖以存在的逻辑前提和客观基础。
（一）自然禀赋的差异性
自然禀赋的差异性包括自然条件的不同性、资源的稀缺性、生产要素分布的不均衡性和不完全流动性。人类的经济活动总要落脚在一定的地域空间上，而这个地域空间经过亿万年的变迁，自然条件千差万别。一些地方的自然条件适于人类的生存与发展，而另一些地方就不适宜或难以适应人类的生存与发展需要；一些地方宜于粮棉油农业生产，另一些地方则宜于矿业开发建设；还有一些地方资源在这里组合效率优于其他地方。由此产生了区域差异、区位优势或区位的不同，这可以理解为自然形成的区域“级差地租”。
与人类需求的无限性相比较，无论是自然资源、人力资源，还是社会经济资源及社会财富，都是有限的。这些稀缺的资源，即使分布均匀，由于区位效用的作用，也会向某些地区集聚。由此产生了对资源进行优化配置、使经济发展质量达到最大化的生产力布局这一区域经济学的基本理论。倘若资源不是在稀缺的，而是无限的，那么区位将失去优势，区域差异消失，区域经济就成为无本之源了。
生产要素分布的不均衡和生产要素的不完全流动，使得人类的经济活动不可能形成空间均衡化。假如生产要素分布是均衡的，或者即使不均衡但却在空间上可自由流动，各要素供给自然会从要素富集地区流向稀缺地区，形成世界大同的“均质”状态，要素可随时随处供给，这样，将不会存在交换，不会有要素价格，实际上意味着经济活动的停滞、窒息和死亡。
（二）人类经济活动的极化性
毋庸置疑，自然禀赋的差异可以导致区分不同的经济区，但并不是自然禀赋完全一致时就不产生不同的经济区。自然条件的不同、资源的稀缺性、要素分布的不均衡性和不完全流动性只是解释区分不同经济区的一个必要条件，而不是充分条件。从不均衡性来看，它是流动性产生的前提条件，只有不均衡才会产生流动的需要，但要素的不完全流动性阻碍了要素均衡的实现途径，产生了区域差异；从均衡条件看，即使要素分布完全一致，现实证明经济的空间格局也可能不完全一致。我们知道，经济从来不是完全在自然力作用下产生的，区域经济的差异实际上还有更深刻的因素在发挥作用，即人类的主观活动。自然因素毕竟只是客观条件，它需要人类的主观活动才会发挥作用。否则就会陷入“地理环境决定论”的信条中。确实，自然因素在区域经济中起着不可忽视的作用，在某些情况下甚至起着决定性作用，但这些因素如不通过人类有目的的经济活动转化为现实的生产力，自然条件的价值也就无从体现。因此，不论在自然条件均质的情况下，还是在自然条件不均质的情况下，区域经济差异产生的更为根本的因素是人的因素。这就是人类经济活动中极化性。
（三）空间距离的不可灭性
人类的经济活动离不开地域空间，有空间就有距离，有了距离，在进行经济活动过程中就要支付距离成本。距离是区位论需要阐明的重要内容。尽管现代科技和现代交通、通讯业的快速发展，使空间距离对人类活动的限制越来越少，但只要距离存在，距离成本便存在。空间距离不可灭性也是导致区域差异的基础，使得经济活动局限于一定的区域空间距离内。
所以，自然禀赋的差异和空间距离的不可灭性是区域差异的基础，这是自然力形成的，靠人力是难以改变或消除的，人类只能顺其自然，趋利避害，加以利用。这不仅是区域经济多样化、区域分工的前提，也恰恰是区域经济研究的中心内容。经济活动的极化性，是人类经济活动对区域条件的利用、改造，它既有扩大区域经济差异方面的作用，也有缩小区域经济差异方面的影响，而区域经济学研究的目的与任务即是使所有区域在发挥各自优势、尽可能获得进一步健康发展的条件下，走向更高层次的均衡，使人类的物质生活条件趋于均等化。这三方面的内容构成了区域经济存在和分异的重要基础，也相应构成了区域经济学的重要理论支柱。
