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私募股权基金的组织形式一般包括三种，即公司型、合伙型和信托型。2007年以前，我国PE的组织形式一般是选择公司型，即类似于投资公司型的组织机构；或者选择信托型，即类似于证券投资基金，但不是公募的。2007年以后，新的《合伙企业法》实施，被视为中国私募股权基金组织形式的制度性改革，合伙制成为一种重要的组织形式。
公司制：规范性较强，但缺乏效率
公司制包括有限责任制和股份有限制两种形式，对于私募股权基金的组织形式主要是有限责任制。投资者作为公司的股东，可以是自然人也可以是法人。投资人通过股东大会、推举董事和投资决策委员会委员等方式参与PE的重大决策，股东按其出资额为限对公司债务承担有限责任。
这种形式的基金管理人可以是公司股东，也可以是聘用其他管理人员。从管理的角度分，公司制PE可分为自我管理型和委托管理型。自我管理型与一般的公司管理模式相同。委托管理型采取的是决策权与经营权相分离的董事会——经理分权管理制度，体现的是“委托一代理”关系，以基金的名义独立行使民事权力并独立承担民事责任。
公司制以其完善的内部治理结构与外部法律环境，占据着我国私募股权基金主流组织形式的地位。
有限合伙制：效率高，但制约不足
有限合伙制PE依照新的《合伙企业法》设立。有限合伙制由两类合伙人构成：一类是普通合伙人，对企业承担无限连带责任，并享有全面管理权；另一类是对于合伙的债务以其出资额为限，承担有限责任的有限合伙人，不享有管理权。两类合伙人之间权利与义务清楚明了，激励机制与约束机制清晰明确，实现了资金有效供给和专业投资管理科学对接与整合。
有限合伙制能够最大限度地赋予PE经理人足够的决策权力，而且在基金存续期间，普通合伙要将所有的赢利用于支付有限合伙投资的本金、利息、管理费等开支后，才能支付给普通合伙与投资比例不相符的利润，这种规定可以最大限度上约束普通合伙人的行为。有限合伙制是与私募股权投资特征相适应的一种有效的基金组织形式。
有限合伙在设立程序与要求、内部治理结构、利润分配模式等方面比较灵活，设立和决策程序简单，并且能有效避免双重征税，因此也赢得了很多私募股权基金的青睐。
信托制：灵活但非法人主体
信托制PE也称为契约型PE，依据信托模式建立投资者、投资家和托管人之间的契约关系。投资者（合格投资者）认购基金后由托管人（银行等金融机构）保管，委托投资家（基金经理人、私募股权投资家）负责基金的经营与管理。信托制PE的本质特征是基于信托的原理，将基金的经营权、占有权和处置权转移到受托管理机构名下，由受托管理机构依据信托契约，对基金行使民事权利并承担相应的义务和责任，其自身不是独立的商事主体，更不是独立的法人主体。同时，管理基金所获得的收益归投资者所有，基金经理人和托管人向投资者收取管理费和保管费，体现的是“信托一受托”关系。根据信托原理，受托人不参与剩余收益的分配，因此这种制度对受托人的激励不足。由于信托不具有法律主体地位，它不能作为股东出现在公司的股东名册中，这在公司上市过程中会遇到一定的监管困难。
三种形式各有千秋
以上分析可以看来出，三种组织形式各有千秋，具体采用哪一种组织形式，需要综合考虑以下要素：
（1）从募集资金的难易程度来看：公司制是先有投资人的投资意向，再确定组织形式，故不存在募资问题；有限合伙制募集资金主要靠普通合伙人的业绩，也可以借助第三方专业机构的力量来募集。如果缺乏业绩，募集资金会比较困难。信托制通过专业信托公司推荐和募资，其募资渠道比较成熟，相对容易募集资金。
（2）从资金的利用率视角来看：信托制要求资金一次性到位，其资金利用率最低；公司制在设立时首期需要到位20％，其余的资金两年内逐步到位。有限合伙制资金的利用率最高，出资为承诺出资。投资者在收到普通合伙人的拨付通知后按规定时间交清即可。
（3）从税收来看：公司制税收成本最高，公司需要缴纳企业所得税，投资者分配利润也需要缴纳个人所得税和企业所得税，存在双重征税的问题。信托制和有限合伙制对企业不征税，仅在投资人分配利润时征收个人所得税和企业所得税，能避免重复征税。
（4）从投资管理人的责任来看：有限合伙制的普通合伙人对有限合伙的运作承担无限连带责任，责任最大。公司制投资管理者通常是投资人自身，在其出资范围内承担有限责任。信托制的信托公司无须对信托运作产生的债务承担责任，法律责任相对较小。
（5）从内部治理结构来看：公司制的股东会或者董事会拥有投资决策权，高管仅提供决策建议；有限合伙制的普通合伙人拥有投资决策权，权限较大；信托制虽然主要由投资顾问或者信托公司参与，但也允许其他高管提供决策建议。
（6）从法律监管来看：目前中国的法律对信托制和公司制的监管相对更为严格，有限合伙制在中国出现的时间还不长，新的《合伙企业法》对普通合伙人的约束尚不完善，一般只是通过合伙协议，相对来说监管最为松散。
（6）从可分配的利润上来看：公司制的高管激励不够充分，有限合伙制的普通合伙人和信托制的投资管理人的可分配利润范围基本一致，一般根据投资收益的比例进行提取。
（7）从IPO退出的便利程度来看：目前我国的法律框架内，公司制推出最为便利和稳定；有限合伙制和信托制在IPO时还存在一定的法律障碍，需要将上市企业的股权及权益转让给第三方或第三方代持，面临着一定的法律困境。
