世界上没有完美的事物，同样地，有限合伙作为一种商事组织形式，其在具有上述优点的同时也具有一些固有的缺点。我们要认真分析这些不足，以便更好地扬长避短。
设立登记制度不利于保护第三人利益
我国并没有单一的《有限合伙法》，而是将有限合伙制度在《合伙企业法》中进行了规定，这样就使得有限合伙企业并没有独立的设立程序，而是采取与传统的合伙制大体一样的设立程序。新《合伙企业法》并没有对合伙的设立、合伙人身份转换等事项做出强制性规定，这样的立法不利于保护第三人的利益，不利于维护交易的安全，影响了有限合伙作用的发挥。在现实生活中，第三人查阅合伙企业的登记档案的途径也不是很多，这样就更不于利保护第三人的利益。
前面已经论述，在有限合伙企业中，有限合伙人承担的有限责任只以其对有限合伙企业的出资为限。为保护与有限合伙企业交易的第三人的利益，多数国家都对有限合伙的登记制度做出了强制性的规定。例如，在英国，有关部门将有限合伙的注册内容汇编成册，这样，每个人都可以采用有偿的方式来查阅其内容。同时，在英国，从注册当局获得注册证书及经注册当局确认的报告书的复印件具有诉讼证据的效力。与此同时，英国法律还对有限合伙中的合伙人变更做出了特殊的规定，即当合伙人的身份发生变化时，该合伙人必须于七天之内通知登记机关。
合伙人数的规定不利于募集资金
新《合伙企业法》第61条规定：“有限合伙企业由二个以上五十个以下合伙人设立；但是，法律另有规定的除外。”有限合伙限制了投资人的人数，在一定程度上限制了有限合伙企业可以聚集的投资资本，不利于进行大规模的投资。而发达国家的立法一般没对有限合伙的人数进行限制。我国设立50人上限的目的是为了防止有人利用有限合伙形式进行非法集资活动。
不可否认，近年来，社会上确实出现了一些非法集资活动，而且屡禁不止，这也充分说明了社会上确实存在着对资金的强烈渴求，也充分说明了持有资金的人没有更好的投资渠道。由此可以看出，我国企业的融资渠道比较单一，无法满足投资与融资需要之间的矛盾。有限合伙这种融资形式可以帮助一些资金缺乏的企业提供适当而合法的融资方式，另外，也为投资者提供了一种全新的投资方式。总之，为了充分体现有限合伙制度的优越性，应当对有限合伙人数限制进行完善。
未对有限合伙人抽逃出资的责任做出规定
新《合伙企业法》的第六十五条规定：“有限合伙人应当按照合伙协议的约定按期足额缴纳出资；未按期足额缴纳的，应当承担补缴义务，并对其他合伙人承担违约责任。”这一条可以看做是新《合伙企业法》对虚假出资的法律后果的规定。这是因为未足额缴纳出资的最主要情形就是虚假出资。然而，我国新《合伙企业法》却并未对抽逃出资这种情形做出规定。在我国《合伙企业法》现有的规定中，如果发生有限合伙人抽逃出资的情况，只能依据“合伙人不得从事损害本合伙企业利益的活动”这一规定予以处理。而在这一相似的问题上，我国的《公司法》却规定得相对详尽，值得参考。
《公司法》第二百条规定：“公司的发起人、股东虚假出资，未交付或者未按期交付作为出资的货币或者非货币财产的，由公司登记机关责令改正，处以虚假出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。”第二百零一条规定：“公司的发起人、股东在公司成立后，抽逃其出资的，由公司登记机关责令改正，处以所抽逃出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。”由此可以看出，《公司法》对于抽逃出资这种情形责任的规定比较具体和详尽。由于有限合伙中存在对合伙企业的债务只承担有限责任的有限合伙人，因此，新《合伙企业法》中应对出资者虚假出资、抽逃资金的责任做出规定，以保护债权人的利益。
普通合伙人缺失后合伙状态的规定不利于合伙企业的稳定
新《合伙企业法》第75条规定：“有限合伙企业仅剩有限合伙人的，应当解散；有限合伙仅剩普通合伙人的，转为普通合伙企业。”但并没有规定一个有利于有限合伙稳定发展与补救的方法。对于这一问题的处理，美国《统一有限合伙法》规定值得借鉴。美国《统一有限合伙法》规定了有限合伙不会因为个别合伙人的退伙而解散的情况。即在普通合伙人退出后90天内，如果所有的合伙人以书面形式同意继续有限合伙的营业，则有限合伙可以继续经营。从这一点上来看，美国的《统一有限合伙法》的规定相对科学，能够进一步提高有限合伙企业的稳定性。
