商业银行的组织制度即一个国家用法律形式所确定的商业银行体系结构以及组成这一体系的原则，包括商业银行与各类金融机构的职责分工和相互关系。
（一）商业银行组织制度的建立原则
商业银行组织制度的建立要遵循竞争、稳健、适度规模的原则。
（1）竞争原则。必须有利于金融行业的竞争。允许新银行的进入，提倡和保护商业银行之间的竞争，鼓励银行间的优胜劣汰。
（2）稳健原则。避免过度的和无序的竞争，有利于商业银行的安全。
（3）适度规模的原则。商业银行规模不宜过大或过小，既要避免垄断，保护合理竞争，又要增加银行经营的稳定性。
（二）商业银行组织制度形式
商业银行组织制度形式有单一银行制、总分行制、银行控股公司制和连锁银行制。
1．单一银行制
单一银行制又称独家银行制，是一种不设分支机构或限设分支机构的商业银行组织形式。法律上只允许在银行总部经营，不允许在同一地区或不同地区设立分支机构，这种制度不能使同一家银行形成系统和网络，只能一级经营。单一银行制是一种传统的商业银行组织形式，目前只有美国还部分地存在这种模式。美国曾长时期实行完全的单一银行制度、不许银行跨州经营和分设机构，甚至在州内也不准设分支机构。
单一银行制有其优点，如有利于同本地政府协调，为地方经济服务；具有独立性和自主性，因而因经营比较灵活等。但它也存在弱点，如规模较小，易于倒闭，业务发展受到限制。虽然这种制度在美国一直存在争议，但单一银行制向总分行制发展实际上已形成了一个趋势。
2．总分行制
总分行制又被称为分支行制，它是指银行在大城市设立总行，并在该市及国内外各地设立分支机构的制度。在这种制度下，分支行的业务和内部事务统一遵照总行的规章和指示办理。目前世界各国一般都采取这种银行组织制度，其中尤以英国、德国、日本等国为典型。我国也是以分支行制为主的国家。
分支行制的优点是：银行规模可以按业务发展需要而扩展，实现规模效益；分支行之间能够相互调度资金，可以提高资金的运用程度；放款分散于各分支行，便于分散风险。其缺点是：会使银行业过分集中，造成垄断，且分支机构太多会给管理工作带来困难。尽管就其优劣依然有不同的见解，但分支行制却已经成为一种基本趋势，世界各国普遍采用，并且未采取这种制度的也在向这个方向发展。
3．银行控股公司制
银行控股公司制又名集团银行制，指由某一银行集团成立股权公司，再由该公司控制两家以上的若干家银行。由控股公司统一决策和控制管理。包括非银行持股公司和银行持股公司。
从形式上看，持股公司拥有银行，但实际上持股公司往往是银行建立并受其操纵，大银行通过持股公司把许多小银行甚至企业置于自己的控制之下。这种制度在美国最为流行，成为回避限制开设分支行的一种策略，也是银行避开限制进入其他行业的手段。目前，美国的银行持股公司可以直接或间接经办各种金融业务，如各种贷款、投资、租赁、信托、保险、咨询和信息服务等，并可获得在其他行业中设立与银行业务有密切关联的子公司，如财务公司、证券公司、信托公司、房地产公司、信用卡公司等。这种银行组织制度现在已被许多国家采用，我国的中信集团、光大集团也属于这种金融控股公司形式。
4．连锁银行制
连锁银行制又称连锁经营制，由同一个人或集团控制两家或两家以上的银行，通过持股、共同指导等形式来完成。它不以股权公司的形式出现，成员银行在法律上是独立的，但受控于某一个人或个人集团。这种银行组织通常是多家独立的小银行围绕在一定主要银行的周围，几个银行的董事会由一批人组成。
其中的主要银行为集团确立银行业务模式，并以它为中心，形成集团内部的各种联合。连锁银行曾流行于美国西部，在20 世纪20 年代达到高峰，以后逐渐衰落。
目前，许多连锁银行或者转为大银行的分支机构或者组成持股公司。
