由于上海石化的表现已经无法和深发展媲美，而沪深争雄又到了白热化时期，作为上海券商龙头的申银万国证券自然责无旁贷。
尽管在327事件中受了点小伤，但申银证券因此收购了万国证券，阚治东一跃成为申银万国证券的总裁。
表面上看申银与万国等分股份的合并方案，申银吃了大亏，但阚治东认为，申银与万国在网点、队伍等各方面有很大的互补性，应该在发展中解决一切问题。1996年7月16日，申银万国证券股份有限公司合并成功，这是当时国内最大的股份制证券公司，公司注册资本13.2亿元。阚治东担任申银万国的法人代表和总经理。
毕竟327事件的阴影还未散去，阚治东深知操纵股价的危险性。因此，他延续了“阚两毛”的一贯风格，每天将陆家嘴、上海石化等股票拉升两毛钱便收手。同时，阚治东也是全国唯一既是上交所理事又是深交所理事的证券公司负责人。这个尴尬的位置让阚治东在行事的时候不能不考虑深圳方面的脸色。
上海各界当然不满意，尤其是上海市政府，怎能坐视阚治东如此优柔寡断呢。
有人觉得深强沪弱的很大责任在于申银万国转移阵地，提出申银万国应该多为上海市场做贡献。
阚治东怒道：“做贡献我不反对，但是我觉得，如果说全国的证券市场是一碗饭，上海半碗，深圳半碗，申银绝不只吃上海这半碗饭。”
这句话让阚治东后来比较被动，上海证券界同行则讥讽道：昔日“上海滩证券界三猛人”之一的阚治东竟然畏缩成了如今的“阚两毛”。
10月份时，深强沪弱的局面越发明显。上海市政府有关领导到申银万国证券公司开现场办公会议，议定由市政府出面协调交易所和各大银行，让申银万国扩大自营炒股规模，所需巨额资金黑洞由市政府有关部门与各大银行协商解决。在这种背景下，阚治东决定加大自营运作的力度和规模。
1996年12月下旬，国务院联合小组突然到上海调查证券经营活动中的违法违规问题。机构的炒作行为受到管理层严查。阚治东的命运由此逆转。
在处理意见发布前，阚治东曾进行过积极的申诉。1997年5月23日，各方在证监会等待处理结果。那天的会议主要有两个内容：第一，宣读《处罚决定》；第二，听取申银万国证券的陈述和辩解。参加会议的有国家审计署的一位司长、中国人民银行总行的一位副司长、证监会法律部和机构部的两位主任以及阚治东等。
据说，在会议现场，各方展开了激烈的争论。最后，国家审计署那位司长的一句话终结了这场争论。他说：“老阚，我们都别争了。说实话，今天我们在这里都是演员，演演戏而已。上面已经定了调的事情，谁能改变得了啊……”
会议结束后，阚治东回到上海，海通证券的董事长兼总经理李惠珍早已等在机场。看得出，这位上海滩证券界的女将心中格外不安。据阚治东说，李惠珍在此后的听证会上非常委屈、格外伤心。
1997年6月13日，《人民日报》发表题为《维护市场正常秩序、保护投资者合法权益：一批违规银行、证券公司、上市公司及其负责人受到严肃处理》的文章。
文章中说：“去年9月份以来，海通证券公司、申银万国证券公司、广发证券公司违规获取银行巨额资金，采用连续买入卖出和大量对敲等方式，分别操纵上海石化、陆家嘴、南油物业等股票价格，造成上述公司股价的异常波动，扰乱了证券市场正常秩序，损害了其他投资者的利益，推动了股票市场的过度投机。有关部门决定对海通证券公司董事长兼总经理李惠珍、申银万国证券公司总裁阚治东、广发证券公司总经理马庆泉做出免职和记大过处分。对上述3家证券公司分别处以罚款，并暂停股票自营业务1年。”
多年之后，阚治东仍然认为这样的处罚对自己并不公平，2004年的一次采访中，他曾说：“银行的融资也是正常融资。当年我们最终做的股票在10亿元以内，而申银万国的资本金是13.2亿元，而且我们有那么多的营业网点，当年利润每个月都是以现金流进来的，资金并不缺。银行给我们的融资只是正常的融资，并非提供资金恶炒个股。到今天为止我还是不承认这个。”
不过，阚治东也说：“领导责任我是肯定要负的，但我是被迫离开申银万国证券公司的。我曾经提出，免职可以，让我在公司里做一个普通员工总可以吧?但没有得到批准。”看得出，阚治东不愿意离开自己一手带大的申银。
离职后的阚治东曾先后担任过香港地区一家公司的中国总代表和深圳发展银行上海分行的高级顾问。1999年8月26日，拥有7亿元资金的深圳市创新科技投资有限公司成立，阚治东南下深圳，执掌深圳创新投。如果阚治东后来没有应邀出山拯救南方证券，那么如今创投界风云人物，“2009年中国经济年度人物”靳海涛的名字就极有可能换成阚治东。
