理性泡沫理论主要面临实证检验上的困难。现有的对理性泡沫的实证检验一般分为两种方法：一种方法是指定一类特定的泡沫，先假设其存在，然后通过一定的统计方法来寻找是否存在这种类型的泡沫。但是，想要用一种类型的泡沫去验证各种各样可能的泡沫类型是很困难的。另一种方法是去检验并拒绝“无泡沫”假说。由于未来利润是无法精确计量的，这种检验的有用性也是非常有限的。
理性泡沫理论的假设前提与现实有较大的差异，如假定投资者都是理性的，具有一致的预期、一致的信息集等。而现实金融市场中，这些往往是差异极大的。同时，历史规律中显示泡沫问题与个体投资者的心理特征有密切的联系，而理性泡沫理论的假设前提排除了投资者的个体差异，导致了对泡沫问题缺乏较强的解释能力。
理性泡沫模型没有解释泡沫实际上是如何生成的。这些模型并不提供行为解释，而只是描述泡沫能够持续的条件以及泡沫存在情况下的价格模式。
