港股通交易的申报和成交主要遵循成交地，即港交所的市场规则，委托方面则较多遵循内地市场规则和习惯。根据实际情况，《上海证券交易所沪港通业务实施办法》对港股通交易也做了一些特别规定，需要投资者注意。
1．交易方式
限于参加港交所自动对盘系统交易，使用竞价限价盘委托或增强限价盘委托；但碎股仅能通过港交所半自动对盘碎股系统卖出，不能买入。
2．禁止行为
港股通交易中不得进行裸卖空、暗盘交易。
3．权益证券处理
因权益分派等取得港股通之外的港交所上市证券或认购权利凭证，可卖出但不可买入；取得的非港交所上市证券，不可通过港股通买卖。
4．遵循内地市场习惯的事项
遵循内地市场习惯的事项包括实行全面指定交易、客户交易结算资金第三方存管、券商对客户资金和证券实行前端控制等。
