除上市首日交易风险控制制度外，创业板交易制度与主板保持一致，仍适用现有的《交易规则》。
在交易规则上，除上市首日增加停牌指标外，创业板与主板相同。当创业板股票上市首日盘中成交价格较当日开盘价首次上涨或下跌达到或超过20%时，深交所可对该股实施临时停牌30分钟；首次上涨或下跌达到或超过50%时，深交所可对其实施临时停牌30分钟；首次上涨或下跌达到或超过80%时，深交所可对其实施临时停牌至14时57分。
临时停牌期间，投资者可以继续申报，也可以撤销申报。股票临时停牌至或跨越14时57分的，深交所将于14时57分将其复牌并对停牌期间已接受的申报进行复牌集合竞价，然后进行收盘集合竞价。
另外，在停牌制度方面，相对于主板，创业板主要在三方面加以改进：
一是披露年度报告、业绩预告等重大事项不实行一小时例行停牌；
二是出现异常情况如预计重大事项策划阶段不能保密、市场有传闻且出现股价异动的情况等，公司可主动提出停牌申请或由深交所直接实施盘中停牌；
三是长期停牌公司每5个交易日必须披露停牌原因及相应进展情况。
