当指数触发熔断至收盘，以下基金会受到影响：除ETF外的股票型基金、混合型基金，以及基金合同投资范围中包含指数熔断品种的债券型基金等基金。以下基金不受影响：QDII基金、货币市场基金、理财债券基金及基金合同投资范围中不包含指数熔断品种的其他债券型基金。
当发生指数熔断导致全天停盘时，相关的基金在熔断前的交易还是有效的。从熔断时点到下午收盘前这一段时间，受理的申购、赎回、转换、定投等业务申请应该作为下一个交易日的交易来处理。如果在开盘集合竞价时就发生指数熔断，造成当日交易被终止，基金的申购、赎回、转换、定投等业务申请应该作为下一个交易日的交易处理。
虽然从趋势来看，熔断机制对市场涨跌不会有大的影响，但对基金公司来讲却非同小可，极端情形下可能会影响公司的正常运作。原则上，当发生指数熔断且两市当日恢复交易时，基金公司旗下所有公募基金的开放时间均不进行调整；当发生指数熔断且停止交易至收盘的，不同类型基金开放时间将依据基金的情况进行调整，这对基金的日常管理会产生一定的压力。
如果熔断时基金依然开放申购赎回，那么基金将受到以下方面的影响：
第一，基金经理的常规操作计划会在熔断日被打乱。如果基金经理原本打算某天买券和卖券，但由于熔断导致当天交易直接提前结束，造成无法操作，可能导致净值的损失，在流动性紧张或宽松时这种效应更加明显。当流动性紧张时基金经理会打算择机卖出股票，但提早收市打乱了交易计划，从而可能出现流动性问题，投资者的赎回就可能受到影响。在流动性宽松时基金经理会打算择机购买股票，提前收市同样会打乱交易计划。以上两种情形都会影响投资者的收益，因为它们会对基金净值产生负面的作用。
第二，指数熔断会带来流动性短暂消失，这给基金仓位的管理带来一定的困难。为了应对赎回，公募基金会预留部分现金仓位，同时会进行更多的卖出股票的操作。而且，在极端情况下，如果持续地熔断，会使公募基金难以卖出股票来应对赎回。对于高仓位运作的指数基金而言，熔断机制带来的流动性问题更为突出。所以，基金管理人应该保留更多的现金，但这样会降低基金的效率，也实属无奈之举。
第三，熔断导致的暂停交易会导致个股收盘价的失真，这会给基金的估值带来困难。如果在市场大跌熔断后导致基金集中赎回，必然会损害其他份额持有人的利益。如果大涨触发熔断导致了日内终止交易，投资者会预期下一交易日市场仍然大涨，所以会担心无法买入而倾向于参与基金申购，而申购对价按照熔断时候股票估值的话，如果后续市场确实上涨，这会导致申购者稀释原有基金份额持有人的利益。
第四，由于熔断参考标准是以沪深300为基准，但是熔断对象又是全市场股票，因此可能会出现结构性影响。
第五，对于用股指期货做对冲的策略来说，熔断实施后，由于之前两者涨跌停板理论上都是10%，而现货基本上没有跌10%的可能，现在期货涨跌停最大为7%，而现货跌7%是可能的，因此之前两者涨跌幅差异现在由于制度原因被缩窄了。由于熔断标的和对象的不一致，也会对股指期货的基差产生一定影响。
第六，熔断机制会使得分级B在下折时多出现几次跌停板，使其价格跌到位，但指数暴跌的情况下仍然可能出现高溢价。有了熔断机制，标的指数的跌幅可能不会那么大，那么分级B净值下降的速度可能就不会那么快，所以溢价率不会那么高；再者，指数跌得慢了，触发下折的时间也更长，就会有更多的时间去消化价格与净值之间的溢价。
第七，熔断机制将给分级基金套利盘带来流动性风险。对于分级基金套利盘来说，投资者赚取的是母基金净值与A、B两端合并价格之间的差价。而熔断机制会人为限制标的指数的进一步上涨或进一步下跌，使其无法正常交易，从而在一定程度上改变母基金净值的应有走势和A、B两端的价格走势。
